深圳湾口岸开通初期采用旅检大楼内同一层双向通行，即出入境旅客均在一层大厅内通行。随着客流量不断攀升，又针对深圳湾口岸旅检大楼进行改造，改造后，设人工验放通道27条自助通道25条，过了人口通道后，普通的旅客一般是乘坐跨境大巴抵达粤港两地。
自驾两地的私家车需要通过深圳湾口岸中港车牌转让或者申请的方式获得指标。 现在深圳湾口岸每天的出入境旅客量大约6万人次，通车也日渐的饱和了，相对的，深圳湾两地车牌的办理也是更加的困难了。很多企业即便硬件条件过关，在申请上都需要等上一年的时间，不符合企业对于跨境业务的部署。
所以深圳湾口岸中港车牌转让才渐渐取代申请成为投资者获得跨境车牌的主要途径。 深圳湾口岸一直是非常多企业和个人的选择通关的口岸，主要承担着深圳西部的跨境交通。一般申请到该口岸车牌的个人和企业，可以在6:00-24:00期间内行走深圳湾口岸。为了便于管理，晚上12点以后的车辆统一走皇岗口岸。
深圳湾口岸车牌指标在目前仍然是在有序的发放中，但是基于日趋饱和的通行流量，深圳湾车牌的发放速度是有所放缓，指标新增的数量远不及需求增长的速度，所以深圳湾口岸中港车牌转让一度出现僧多粥少的局面，这也是导致现牌价格一直居高不下的主要原因。
深圳湾口岸通关指南：深港双方口岸区域均在深圳境内,双方口岸查验单位均在一栋大楼内完成查验工作，普通的旅客持有港澳通行证或护照即可过境。车辆跨境主要认准跨境指标。
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